Se consideraba a los indígenas del área de Coclé como belicosos y reacios ante los españoles.
Lo encontró en un estado de abandono y virtual caos con indígenas rebeldes, logrando poner en orden.
Debido a la situación crítica que dejó, se le señaló de «mal gobierno» y de haber causado un «abuso excesivo contra los indígenas», siendo apresado en 1605 y enviado a Panamá a la cárcel del Tribunal de la Audiencia, quedando dos años detenido.
Durante el proceso, se le acusó además de coaccionar a los testigos para que le favorecieran judicialmente y también se le insinuó una sospecha de ser un judaizante (había un estigma de que muchos portugueses lo eran) y debido a su origen luso existió mucho recelo por el comportamiento de éstos ante la Corona española, por lo que se solicitó que desde Madrid se emitiera sentencia, quedando suspendido de oficio por un año y fue devuelto a España.
Las localidades de Nueva Lisboa y Belén eventualmente fueron abandonadas, y en el caso de David, se mantuvo por varias décadas sin ser reconocida formalmente como pueblo (existe una teoría que López de Sequeira lo nombró en referencia al rey judío) y no fue hasta 1732 que se construyó una ermita como una forma de reconocimiento.