Hijo del presidente Augusto B. Leguía, fue acusado de enriquecimiento ilícito y sufrió prisión junto con su padre.
Fue asimilado a la Real Fuerza Aérea (RAF) y luchó en la Primera Guerra Mundial.
Cuando en 1931 el Senado de los Estados Unidos decidió investigar las operaciones efectuadas por los bancos y por las personas con bonos o acciones extranjeras en aquel país, se descubrió que Juan Leguía había recibido 415.000 dólares de los bancos J. & W. Seligman y el National City Company para facilitar los empréstitos.
Cabe mencionar también que la casa Seligman vendió los bonos de la deuda peruana al público estadounidense con copiosas utilidades, bonos que luego se esfumaron, afectando a gran número de inversionistas.
En la prisión, Juan atendió a su padre, que se hallaba muy enfermo de la próstata, en medio de las más penosas condiciones, estando encerrado en una celda tapiada, sucia y con pobre ventilación.