Ha dirigido en clubes costarricenses como A.D Ramonense, C.S Cartaginés, Puntarenas F.C, Orión FC.
En 1987, siendo el director técnico con el C.S Cartaginés disputó la final contra el C.S Herediano, en el que Hernández pierde la oportunidad de alzar el título del Campeonato de Costa Rica 1987.
Tuvo un paso en dirección técnica en el fútbol guatemalteco, dirigiendo al Cobán Imperial en el 2005.
En el año 2012, bajo la dirección técnica de Hernández, el Orión FC tuvo que disputar la eliminatoria por la permanencia en la Primera División de Costa Rica contra A.D Carmelita,[2] En el primer encuentro ambos equipos empataron a 2, quedándose todo para el partido de vuelta.
[4] Desde el año 2012, Luis Hernández es presidente del club Orión FC.