Al igual que su hermano el abogado Mariano Michel Mercado eran del partido independentista.
A Cochabamba salieron primero Mariano Michel y Tomás Alzérreca.
A La Paz fueron enviados primero Gregorio Jiménez y Manuel Toro, pero fracasaron en su misión, por lo que se resolvió enviar a Juan Manuel Mercado junto a su hermano Michel y al Alcalde Provincial del Cuzco, Antonio Paredes.
En Sicasica, en la ruta a La Paz, se les sumó el cura Antonio Medina, mientras Paredes seguía viaje al Cuzco.
Producida la Revolución de Mayo fue liberado y permaneció en las Provincias Unidas del Río de la Plata durante toda la guerra manteniendo su compromiso con la causa patriota.