Sucedió a Diego de Salcedo como gobernador.
A cambio, De la Peña tuvo que jurar lealtad a Paternina y trató de comprar lealtades —sobre todo de las tropas— con dinero y prebendas, usando todas las posesiones de Salcedo, así como el tesoro real en Manila.
[1][4] De la Peña no sabía que Carlos II ya había designado a un nuevo gobernador, Manuel de León, para reemplazar a Salcedo, incluso antes de que este último hubiera sido detenido.
Salcedo falleció en el Océano Pacífico, de camino a Nueva España.
Paternina, como comisionado de la Inquisición, era inmune a los cargos penales.