Fue subalterno de Ignacio López Rayón y Juan Nepomuceno Rosains.
[1] Su labor militar comenzó a destacar cuando su hermano quedó al mando de Tehuacán y las Mixtecas.
En septiembre de 1816 fue derrotado por el coronel Antonio Núñez Castro en Coxcatlán, logró escapar con un pequeño contingente y se refugió con Patricio López en la sierra de Oaxaca.
[2] Cuando en enero de 1817 el coronel Francisco Hevia sitió la plaza de Tepexi, Juan Mier y Terán logró romper el sitio el día 6 escapando por una barranca sin que las tropas realistas se atreviesen a seguirlo.
Finalmente los hermanos Mier y Terán capitularon al caer la plaza de Tehuacán.