Fue precisamente ese año en que estalló la guerra con Bolivia, durante la cual, la marina peruana tuvo un papel muy importante en la defensa nacional.
Se le ordenó bloquear el puerto de Huanchaco, y ante la insistencia del comandante del blindado británico Cormorant de romper el bloqueo, supo doblegarlo asegurándole que llevaba suficiente pólvora para hacer volar su buque y el suyo.
Sin embargo, el puerto fue recapturado poco después por las fuerzas revolucionarias al mando de Ramón Castilla Finalizada la guerra civil, en 1847 se embarcó en el bergantín General Gamarra como ayudante del comandante general de Marina y al año siguiente fue enviado a Ayacucho como oficial itinerario.
Permaneció durante seis años en la zona, donde construyó el puerto de San Ramón y un fuerte para su defensa.
La Mercedes quedó al garete y como tenía en pañoles su velamen, el fuerte viento lo arrojó contra la llamada rocanegra.