Se unió a las fuerzas básicas del Club Atlas de Guadalajara en 1996.
[3] Con los rojinegros consiguió el subcampeonato del Torneo Verano 1999 al perder la final en contra del Deportivo Toluca en penales (5:4) después de haber empatado en el marcador global a cinco goles, el "chato" anotó el primer gol en la tanda de penales.
[8] Después de no rendir lo que se esperaba en el equipo del Guadalajara, fue relegado a la banca y perdiendo totalmente la titularidad.
El primero partido terminó empatado a un gol en el Estadio Jalisco, decidiéndose el campeonato en el Estadio Nemesio Díez, en donde el Guadalajara ganó 1-2, con marcador global de tres goles a dos, y se coronó campeón del fútbol mexicano.
A partir de ese momento Santos consiguió un lugar importante en el fútbol mexicano, logrando el liderato en el Torneo Apertura 2007,[11] llegando hasta semifinales en donde fueron eliminados por el Club Universidad Nacional 5-4.
[12] En el siguiente campeonato, el Clausura 2008 se proclamó campeón de liga al vencer 3 por 2 a Cruz Azul.
En octavos de final derrotaron a Argentina (4:1) y fueron eliminados en cuartos por Japón (2:0).
Durante las eliminatorias, México solo necesitaba un gol más contra Honduras para acceder a la justa olímpica, pero para su desgracia, Rodríguez falló un penal a favor de México y quedó fuera de los Juegos Olímpicos.
Jugó la Copa Carlsberg 2000, en donde México terminó en segundo lugar tras ganarle a Japón (0:1) y perder contra la República Checa (2:1).
Jugó todos los partidos y fue campeón al derrotar en la final a Brasil.