Aunque nacido en Sevilla, vivió casi toda su vida modestamente en Granada, con algunas temporadas en Madrid, protegido por importantes autoridades, aunque también vilipendiado por otras a causa de su carácter altivo y polémico.
En 1743 publicó su Ovillo en que se devanan las quebradizas especies..., sátira en que se ataca muy duramente al censor Reinoso y al dramaturgo y fiscal de comedias José Cañizares, a quien acusaba de adulterio por mantener relaciones con la actriz Rosa la Gallega, de tener orígenes judeoconversos y de plagiar a Lope de Vega y a otros dramaturgos del Siglo de Oro.
El resultado de haber atacado al dramaturgo más famoso de la época fue que Maruján fuera desterrado a África durante cuatro años, aunque fue indultado por el siempre magnánimo rey Fernando VI, según cuenta Leopoldo Augusto de Cueto.
Escribió además en los géneros del teatro menor como el entremés El hospital de la moda, en dos partes, y loas.
Otras obras: D. Juan Pedro Marujan, refiere a una señora ausente de Granada, la célebre translacion de las reliquias de señor S. Juan de Dios a su nuevo templo, y plausibles cultos, y festejos, con que ha sido celèbrado tan alto assumpto, en el siguiente tratado (Imprenta de la Santissima Trinidad, 1757) y Copia de carta, escrita por Don Juan Pedro Marujàn y Zeròn, à cierto Excmo.