Estudió en la Universidad de San Marcos, en Lima, Perú, teología, letras y derecho; en la capital peruana su padre, Diego López de Lisboa, llegaría a ser capellán del arzobispo.
Durante su estancia en el Cabildo Eclesiástico se distinguió como orador sagrado, canonista y [1] competente, por lo que ocupó una posición relevante.
Juan Rodríguez tenía una devoción a la Virgen María, el marianismo fue notable e inculcado desde su familia y no se debe tomar como un motivo o pretexto para ocultar su origen hebraico.
Dentro del cabildo eclesiástico figuraron muchos hechos dignos de mencionar en los que participó el doctor Juan Rodríguez de León; sin embargo, dos son los que más sobresalen por su importancia social.
Su segunda acción fue participar en los problemas sociales que se enfrentaban en la Nueva España: la repartición de indios.