En 1599, su hermano Segismundo III Vasa fue depuesto formalmente del trono sueco, y Juan, de escasos diez años de edad, quedó como el más próximo en la línea sucesoria al trono.
En compensación, Juan recibió la promesa del rey de otorgarle varios ducados.
Junto con el consejo del reino y la reina Cristina, Juan se encargó en 1605 del gobierno cuando Carlos IX se hallaba en campaña en Livonia.
Juan ratificó su renuncia a sus derechos hereditarios en favor del hijo de Carlos, su primo Gustavo Adolfo.
Sus restos mortales se hallan en la Catedral de Linköping.