Reguló las festividades religiosas, para evitar que se contagiaran de exceso profanos.
En Arequipa favoreció al Convento de Santa Catalina y consagró la catedral.
En Lima reinauguró la catedral, y solicitó la fundación de un monasterio para monjas trinitarias.
[6] Su gobierno episcopal se distinguió por su celo en la formación sacerdotal, así como en la estricta observancia de las reglas litúrgicas.
Erigió su primer altar mayor y la adornó con buenos retablos.
Todos los años en el día de Corpus Christi enriquecía su custodia con alguna alhaja valiosa.
y dio una cuantiosa limosna para edificar la Iglesia Parroquial de Santa Marta.
El virrey Conde de Santisteban le encomendó ir a Laicacota para que se redujera a los hermanos Salcedo, mineros andaluces que habían convulsionado toda esa región por su rivalidad con los vascos (1666).
Tras un momentáneo apaciguamiento, Almoguera no pudo contener la revuelta, y más bien empeoró la situación al mostrar su inclinación por el bando de los Salcedo.
La edición fue incautada y desde entonces Almoguera recibió el apelativo de “El Obispo del Libro”.
[6][16] Moderó las fiestas y procesiones religiosas, prohibiendo los convites durante dichos eventos.
[14][15] Reinauguró la Catedral de Lima, a la que quiso dedicar un nuevo y más suntuoso altar mayor, pero no pudo ya cumplir este último deseo, pues le sorprendió la muerte.
[6][11] Falleció a los 71 años de edad, habiendo gobernado sólo un año y diez meses en Lima.
Pero se obvió su deseo y fue colocado en la bóveda que está debajo del altar mayor.