Poco tiempo después, estando ajustado el matrimonio del infante Fernando con Guiomar Coutinho, heredera de los condados de Marialva y Loulé, pretendió el marqués de Torres Novas oponerse a ese enlace, alegando que hacia mucho que había casado clandestinamente con esa señora.
La cuestión fue debatida por canonistas y teólogos, y el marqués fue preso en el Castillo de San Jorge de Lisboa por nueve años, hasta que el rey encargó nuevamente a teólogos y canonistas que la resolvieran.
Parece que no se puede fijar la data de la merced, tal vez anterior a 1535, año en que el duque acompañó a Barcelona al infante Luis, Cuando salió del reino para tomar parte en la expedición de Túnez.
Se presentó con extraordinario lujo y grandeza en la ceremonia.
Mandó construir el convento de Arrábida, que dio el nombre a esta provincia religiosa, fundada por fray Martín de Santa María.