En 1556 lideró una pequeña flota sobre Morea donde capturó 10 galeotas turcas y liberó 500 cautivos cristianos.
Firmada la paz con Francia, se concentró en la lucha contra los corsarios berberiscos y los turcos en el Mediterráneo occidental.
En 1561 transporta desde España a Italia las tropas desmovilizadas en Flandes tras la Paz de Cateau-Cambrésis, y realiza labores contra la piratería.
En la primavera de 1562 dirige una armada a La Goleta para aprovisionar aquella plaza.
También tuvo una hija natural - fuera del matrimonio - cuyo nombre era Francisca de Mendoza.