Sus padres fueron Pedro Mañozca, secretario del Tribunal del Santo Oficio de México, y doña Catalina Murillo.
Estudió en el Colegio de San Ildefonso e hizo el noviciado jesuita, cuando apenas tenía 14 años.
De regreso en México fue segundo inquisidor y participó en varios autos de fe y procesos importantes.
Regresó a principios de septiembre de 1664 a La Habana, donde dictó varias providencias y contribuyó con su presencia a realzar las fiestas celebradas con motivo de lo aclamación y jura del rey Carlos II.
En el año 1666 reedificó la parroquial mayor habanera; y en Sancti Spiritu se esforzó en atender la reparación de una iglesia destruida por el filibustero francés Pierre Legrand el 26 de diciembre de 1665.
Según escribió el sacerdote Manuel Lobo el 18 de noviembre de 1670: "Entró el señor obispo en el gobierno con mucha aceptación y general aplauso, porque su capacidad, experiencia y autoridad han prometido muy seguros aciertos, hasta ahora no ha comenzado a disponer las materias y en todas procede muy a lo Inquisidor, con espera y silencio."