Juan era un hijo menor del Duque y Conde Palatino Juan Carlos de Birkenfeld-Gelnhausen (1638-1704) de su segundo matrimonio con Esther María (1665-1725), hija del Barón Jorge Federico de Witzleben-Elgersburg.
Era Feldzeugmeister en el ejército del Palatinado Electoral y comandante de todas las tropas y caballeros de la palatina Orden de San Huberto.
Juan también era gobernador del Ducado palatino de Jülich y comandante de la fortaleza de Jülich.
Después de la muerte de su hermano Federico Bernardo en 1739, sucedió como Conde Palatino de Birkenfeld-Gelnhausen.
Juan se casó en 1743 en Dhaun con Sofía Carlota (1719-1770), hija del Wild- y Rhinegrave Carlos de Salm-Dhaun.