Fue hija del margrave Federico VI de Baden-Durlach, y de su esposa, Cristina Magdalena del Palatinado-Zweibrücken.
Su hermana mayor Cristina (1645–1705) se casó en 1665 con el margrave Alberto II de Brandeburgo-Ansbach (1620–1667).
Juana Isabel se casó el 5 de febrero de 1672 en Durlach con el margrave Juan Federico de Brandeburgo-Ansbach (1654-1686), miembro de la Casa de Hohenzollern e hijo del margrave Alberto II de Brandeburgo-Ansbach.
Ella era su primera esposa.
Tuvieron cinco hijos: