En 1298, cuando Juana tenía nueve años, su padre murió de las heridas que había recibido en la batalla de Furnes en la cual había luchado un año antes.
[1] Gastón y Joan juntos tuvieron seis hijos: La poderosa influencia de Joan sobre su marido Gastón creó un conflicto permanente tanto con la nobleza local como con la administración, que en 1317 solicitó al Parlamento que le quitara la custodia de sus hijos, acusándola de conducta escandalosa, disolución y despilfarro.
A pesar de un compromiso firmado en 1325 en Beaugency, las amargas disputas se hacían más frecuentes entre Juana y su hijo mayor Gastón, que había sucedido a su padre como Conde de Foix.
Más tarde se trasladó a Orthez, y más tarde a Lourdes; Finalmente en 1347, su tercer hijo, el Obispo de Lavaur consiguió su liberación de la prisión y ella se retiró a Carbonne.
El historiador francés Jules Michelet sugirió un vínculo entre el encarcelamiento de Juana en 1331 y el hecho de que su hermano Roberto estaba en ese momento siendo acusado por falsificación y practicar brujería contra la vida del rey Felipe VI.