[1][2] Tras su etapa como portero, Juanjo Roa empezó su andadura como entrenador de porteros en 2006 haciéndose cargo de la cantera del Racing Algemesí.
La temporada 2012-13 firmó en la primera división femenina en el Valencia C. F. formando parte del cuerpo técnico de Cristian Toro durante tres temporadas quedando semifinalistas de la Copa de la Reina en la temporada 2014-15.
[3] La temporada 2015-16 volvió a Segunda B de la mano del entrenador Andrés Palop al Club Deportivo Alcoyano jugando la Copa del Rey.
[4] En 2016 firmó en Recambios Colón C. F. por dos temporadas, y en la temporada 2018-19 volvió al mando de Andrés Palop a la U. D. Ibiza presidida por Amadeo Salvo.
[6][7] En abril de 2023 se une al cuerpo técnico de José Bordalás en su regreso al Getafe CF en Primera División.