Esta aljama pasó por todas las vicisitudes que afectaron al judaísmo hispano, hasta la expulsión de 1492.
Se sabe que en 1635 lograron huir a Portugal unos 150 criptojudíos, acusados de haber practicado las ideas iluministas que se habían desarrollado allí unos años atrás.
La judería se encontraba en la actual calle de San Lorenzo, que da a la Plaza Alta, en la que todavía se conserva un arco de carácter medieval.
La población musulmana se fue ubicando entre la Torre de la Atalaya y la orilla del Rivillas, esta zona es la que propiamente podemos considerar la morería de Badajoz, que comprendía las actuales calles de Campillo, Constantina, Jarilla, Peralillo, Castillo, Concepción y limitando con la judería en su borde occidental, calles Arjona, Cerrajería y San Lorenzo.
Los judíos vivían en Badajoz diseminados por la ciudad, aunque seguramente se produciría una mayor concentración en las cercanías del castillo, donde había una sinagoga en torno a la cercana plaza principal, hoy Plaza Alta.