La zona que actualmente es conocida por ese nombre se encuentra al noroeste de la Mezquita-catedral, en la zona comprendida entre las calles Deanes, Manríquez, Tomás Conde, Judíos, Almanzor y Romero, aunque no se corresponda exactamente con la zona que los judíos durante ese periodo habitaron mayoritariamente.
Sin embargo, la represión y aniquilación definitiva se produjo con la llegada de los almohades en 1148, radicales bereberes provenientes del norte de África, que prohibieron la presencia judía en la región.
En estos acontecimientos vivió el rabino y filósofo Maimónides, quien tuvo que exiliarse con su familia.
[2] Tras recuperar Fernando III la ciudad durante la conquista de Córdoba en 1236, volvieron los judíos a establecerse en ella, mientras que su hijo Alfonso X el Sabio cerró y delimitó el barrio de la judería en 1272, en el entorno noroccidental de la Mezquita-catedral, tal y como se conoce actualmente.
En 1473 una mujer conversa supuestamente provocó a los cristianos durante Semana Santa, en la denominada matanza de la Cruz del Rastro, quienes entraron saqueando de nuevo este barrio.