La Junta de Fiscales Supremos es el órgano de gobierno de mayor jerarquía del Ministerio Público del Perú, y se reúne bajo la presidencia del Fiscal de la Nación, quien la convoca.
La Junta está integrada por seis Fiscales Supremos Titulares nombrados por la Junta Nacional de Justicia.
Ellos están a cargo de las Fiscalías Supremas (órganos de línea de mayor jerarquía) que están conformadas en lo Penal, en lo Civil, en lo Contencioso Administrativo y de Control Interno.
Esta instancia igualmente elige al representante del Ministerio Público ante el Jurado Nacional de Elecciones conforme a la Constitución.
En cuanto a la designación de Fiscales Especializados para determinados delitos, la Junta de Fiscales Supremos da una aprobación previa a la designación que hace el Fiscal de la Nación de los Fiscales para que intervengan, según su categoría, en la investigación y juzgamiento de todos aquellos hechos delictivos vinculados entre sí o que presentan características similares y que requieran de una intervención especializada del Ministerio Público.