Como asociación fue fundado en 1979 con el nombre de Diablos Rojos C.F, actualmente desaparecido y que participó en la 3.ª.
En los primeros 45 minutos los pableños perdían 1-0 y en el segundo tiempo Francisco Hibbert Brenes anota el gol del empate.
Llegan los tiempos extras y el encuentro se mantiene igual por lo que se tiene que recurrir a la vía de los penales, donde San Pablo se impone 5 a 4 y es el nuevo campeón de fútbol en esa categoría.
El Municipal San Pablo es campeón de la Región 9 de Heredia y tiene como base a jugadores del Club Deportivo Miraflores.
Estuvieron en disputa del título nacional de Tercera División Deportivo Jiménez, A.D.
Los clubes clasificados al ascenso son: San Pablo de Heredia (Club Deportivo Miraflores), Proyecto Alejandro Morera Soto (PAMS), San Juan de Puriscal y Pital de San Carlos.
Regiones 14, 15 y 16: Real Espasa, A.D.R.Paquera, Jicaral de Puntarenas, A.D.
Municipal San Pablo desciende a Tercera División junto con la A.D.
Puntarenas, Orión Escazú, C.S.Guadalupe, Matineña F.C, La Francia de Siquirres, Patiño F.C y Nandayureña.
Municipal San Pablo y que, participa en la Cuarta División de LINAFA.
En la temporada 2012-13 la juvenil (Munipal San Pablo) es Subcampeona por la provincia de Heredia y a nivel nacional en Cuartas Divisiones de LINAFA.