[1][2] Los cimientos del yacimiento datan del siglo I d. C., con un pico de actividad en torno a los siglos III y IV durante el período kushán, antes de experimentar un declive fatal en torno al siglo V d. C., probablemente con la invasión de los kushano-sasánidas, cuyas monedas pueden encontrarse en el yacimiento.
A finales del siglo III d. C., las comunidades monásticas de Qoratepa entraron en decadencia o fueron abandonadas debido a las campañas militares del Imperio sasánida contra el Estado Kushán.
[3] Posteriormente, se realizaron expediciones arqueológicas conjuntas de Uzbekistán y Japón.
En los siglos IV y V se llevaron a cabo reparaciones en el monasterio de Qoratepa.
En el siglo V, el monasterio fue finalmente abandonado, y sus instalaciones comenzaron a utilizarse como cementerio.
Los hallazgos de las tumbas indican que en el siglo VIII, el monasterio cristiano estaba activo.