En 1969, ganó el Premio Gunzō con su tesis sobre Sōseki Natsume, comenzando así su carrera de crítico literario.
A partir del año siguiente, enseñó en la Universidad Hōsei (hasta 1994).
Entabló lazos de amistad con varios teóricos norteamericanos, incluyendo Fredric Jameson y Edward Said.
En el 2000, de forma casi simultánea a la publicación del libro Transcritique: On Kant and Marx, Karatani propuso y organizó en Japón un movimiento denominado NAM (New Associationist Movement), contramovimiento al capitalismo global y al Estado.
Esta serie de investigaciones fructificaron en Transcritique: On Kant and Marx (edición japonesa 2001; edición inglesa 2003), la obra más conocida del autor, de la cual Slavoj Žižek hizo una reseña con gran interés en la revista New Left Review (enero-febrero de 2004).