Kokshetau se encuentra a una altitud aproximada de 234 m sobre el nivel del mar.
El clima de Kokshetau se caracteriza por veranos calurosos e inviernos fríos.
Está situada a unos 300 kilómetros al noroeste de Astaná, la capital nacional.
Kokshetau se encuentra en una zona climática semiárida fría con influencias continentales extremas.
En primavera predomina el tiempo despejado y seco, con un gran número de días soleados.