El toponímico Kopomá significa en idioma maya "el lugar que no se hunde", por provenir de los vocablos kopol equivalente de xoopol, hundir, sumir y ma, no (negación).
En 1825, después de la independencia de Yucatán, Kopomá formó parte del Partido del Camino Real al que pertenecieron todas las poblaciones que se encontraban en la ruta que unía San Francisco de Campeche y Mérida.
En 1935 se erige en cabecera del municipio libre homónimo.
En Kopomá se encuentra un templo cuya fecha exacta de construcción se desconoce pero que data de la época colonial, en el que se venera a la Virgen de la Asunción.
En las inmediaciones se encuentra el casco de la ex hacienda henequenera llamada San Bernardo, que cuenta con un museo de lo que fue la agroindustria en la región.