En 1204 Jamuca, el jefe mongol rival de Temujin (posteriormente llamado Gengis Khan), se refugió entre los Naiman.
Kuchlug consiguió escapar con unos pocos soldados Naiman hacia el oeste, refugiándose en Kara Irtish.
Gengis Kan desconfiaba de Kuchlug, considerando que todavía podía convertirse en una amenaza.
La lucha fue feroz y ambos bandos cometieron enormes atrocidades contra la población, pero en última instancia ninguno de los dos consiguió imponerse y el río Syr Darya se convirtió en la frontera de facto entre los dos gobernantes.
Puede asumirse que junto con sus soldados llevó sus creencias a las tierras de Kara Khitai.
Estas historias terminaron mezclándose con la leyenda sobre el Preste Juan que desde su reino en oriente luchaba contra los musulmanes.
Varias ciudades de Yarkand y Kashgar se encontraban desesperadas bajo su sangriento dominio.
En 1218, el gobernante de Otrar (una ciudad controlada por Allah al-Din Mohamed II) humilló y asesinó a dos embajadores enviados por Gengis Kan.
Tras una breve resistencia en Zhetysu, la ciudad capital de Balasagun se rindió sin lucha y Kuchlug huyó al sur hacia Kashgar.
Sin embargo, los residentes musulmanes, enfurecidos por las persecuciones que habían sufrido, se negaron a ayudarle.