Vaica posiblemente está emparentado con el vocablo indoeuropeo wed que expresa los sentidos de "agua, mojado".
El nombre del municipio se relaciona con el hecho de estar ubicado en un valle denominado Vega de San Juan, por donde se agrupan varias fuentes hídricas, entre ellas el río Tabacal y el río Dulce, este último cruza el publo directamente.
En la época precolombina, el territorio del actual municipio de La Vega estuvo habitado por los indios doymas y los bulucaymas, clanes que pertenecían a la nación Panche.
Inicialmente se llamó Chambata y después La Vega, por sus características geográficas.
También se puede disfrutrar aproximadamente a 55 minutos del casco urbano las hermosas cascadas de la región que se nutren por vario ríos y nacederos.