En un pueblo pesquero en La Paz, México, un pescador, Kino (Pedro Armendáriz) y su esposa (María Elena Marqués) sufren porque el doctor del pueblo (Charles Rooner) es racista y se niega a tratar a su hijo Juanito, víctima de la picadura de un alacrán.
Kino luego encuentra una perla valiosa en el mar que es objeto de la codicia del doctor y su hermano (Fernando Wagner).
Estos quieren pagarle mucho menos de su valor real, haciéndole creer que una perla tan grande no interesa a nadie.
Entre tanto, es asaltado por un desconocido, al que da muerte, tras lo cual su hermano les ayuda a huir y el matrimonio junto con su hijo parten de noche con destino a la ciudad en donde son perseguidos, cumpliéndose así los temores de Juana.
En la película La Perla, tiene una participación musical el compositor hidalguense Nicandro Castillo, en la interpretación del son huasteco El Gusto, acompañado por Antonio Maciel en el violín y posteriormente con una orquesta sinfónica.