[2][3] Presenta una superficie irregular: alargada de sur a norte.
Y está rodeada de algunos acantilados hacia el sur; y de una zona pantanosa hacia el oeste, debido a la desembocadura de los ríos Pomacanchi, Thupahuiri y Marcaconga.
La temperatura de sus aguas verde azulado oscila entre 9 °C y 15 °C).
La laguna de Pomacanchi concentra una gran variedad de flora (totora, mirmi, llachu, cjoyo, ceqa, matajillo, chinqui y pastos naturales), una variada fauna entre los que destacan más de doce especies de aves (patos, ajoyas, choqas, gallaretas, pariguanas, garzas, gaviotas, flamencos andinos, pillcuycos, mayoalccos, churchus, tactacas, ccopos), y algunas especies de peces (pejerrey, carpas, huitas, ccarachis y ch’iñis).
Además, se tiene registro en el área de 11 aves endémicas.