La laguna San Ignacio fue descubierta originalmente por el capitán ballenero Jared Poole, cuñado del capitán Charles Melville Scammon.
La laguna se extiende dieciséis kilómetros en el desierto y tiene una anchura máxima de cinco millas.
La laguna se divide en tres secciones: la superior es la parte menos profunda y se conoce como el área de parto donde las hembras embarazadas viajan a fin de tener a sus crías; en la laguna del medio se encuentran las madres que viajan con sus hijos recién nacidos, y que se preparan para unirse a la mayoría del grupo; en la inferior se encuentra la mayoría de los cetáceos y es donde se produce la mayor parte del comportamiento social.
Aquí, machos y hembras se congregan en busca de pareja.
En 1993, las Naciones Unidas declarararon la laguna de San Ignacio como un sitio Patrimonio de la Humanidad debido a su importancia para la comunidad mundial.