Esta fue la última película de Las Tortugas Ninja lanzada por New Line Cinema (y publicada en VHS junto con Columbia Tristar).
En el Japón feudal de 1603, un joven está siendo perseguido por cuatro samurai a caballo.
Sin embargo, el samurai finalmente captura y se lleva al chico, reveló ser un príncipe llamado Kenshin, con ellos.
Durante la confusión, Miguelangelo (que lleva el cetro) acaba cabalgando solo en el bosque y es emboscado por un asaltante desconocido.
Mientras tanto, en el presente, Kenshin se está impacientando y anticipa una lucha de Casey.
Como las tortugas ayudan a los aldeanos guardarlo, Miguel Ángel se deja salir de su prisión por un par de soldados que no tenían ni idea y se une en la lucha.
Donatello decide tener una réplica cetro hecho para que puedan volver a casa, mientras que Miguel Ángel enseña algunas de las personas sobre la pizza y luego intenta consolar a Mitsu sobre Kenshin, quien está enamorado de ella.
En el pasado, la réplica del cetro se ha completado, pero una discusión entre Miguel Ángel y Rafael acaba rompiéndolo.
Para empeorar las cosas, Mitsu les informa que el Señor Norinaga ha acordado comprar armas de Walker y atacará al pueblo por la mañana.
Las tortugas están listas para volver a su propio tiempo, pero Miguel Ángel anuncia que prefería quedarse.
Los comentarios sobre la película han sido en su mayoría negativas tanto por los fanes y críticos.
Basado en una muestra de 22 opiniones, la película tiene una calificación del 27% "podrido" en Rotten Tomatoes.
Esto no sólo es la película dirigida a los niños pequeños, el guion podría haber sido escrito por ellos."
TV Guide le dio dos de cuatro estrellas y dijo que en su opinión, "Si el truco de viaje en el tiempo tiene que ser utilizado dos veces seguidas, entonces es probablemente lo mejor para desterrar a estos personajes a una alcantarilla de jubilación" al comentar sobre una posible futura película invocando viaje en el tiempo.