Courtois comenzó su carrera en las categorías inferiores del club francés Olympique Lyon.
En la temporada 1998-99 se trasladó al AC Ajaccio de la Ligue 2, donde adquirió su primera experiencia.
[1]Después de 18 meses infructuosos con sólo siete apariciones en la Premier League, Courtois se marchó a Francia.
En 2005, se unió al Levante de La Liga española y permaneció allí durante tres años.
[8] Después de su retiro, Courtois regresó a Francia para trabajar con las Reservas y la Academia del Olympique Lyon en las que se había desarrollado.