[1] Actualmente se considera que forman una subfamilia de la macrofamilia Macro-Yê.
Sin embargo, el trabajo de John Alden Mason sugiere que si bien las lenguas maxkalí no forman parte de la familia yê propiamente dicha, era posible rastrear un parentesco probable entre ambas subfamilias y otros grupos, por lo que propuso que esas dos familias y otras más conformaban la macrofamilia Macro-Yê.
El trabajo comparativo posterior, en particular el de Aryon Dall’Igna Rodrigues confirma esa hipótesis y ofrece cierta evidencia en favor de la hipótesis.
J. A. Mason propone que la familia estaría formada por las siguientes lenguas: Siendo el único superviviente actual, el moderno idioma maxkalí.
El pataxó más recientemente testimoniado usaba abundante vocabulario procedente de otras lenguas indígenas.