Leonel nacido en Funchal, que es la capital del archipiélago de Madeira, se formó como entrenador en el Sporting de Portugal en el que dirigió las bases del Sporting Club durante una década.
Se encargó de su educación entre los 12 y los 15 años, siempre muy en contacto con la madre del madeirense.
En la temporada 2005-2006, esta misma dupla se hizo cargo del primer equipo verdiblanco e, incluso, tras ser despedido Bento, Pontes se hizo cargo durante varios partidos del primer equipo.
Vivieron momentos importantes como la Eurocopa de 2012, en la que llegaron a las semifinales, donde cayeron ante España en los penaltis.
A partir de 2014, Leonel inició su trayectoria en solitario, primero como entrenador del Marítimo, con el que no acabó la temporada y, posteriormente, dirigió de forma efímera en otros países, como en Egipto (Ittehad), en Grecia (Panatolikos) y el Debrecen húngaro.