Con el equipo cardenal, ganó 2 títulos; el campeonato de 1971 y la Copa Simón Bolívar en 1970.
Después de jugar por uno años en las divisiones inferiores, Leonidas debutó como profesional en el año 1967.
En sus primeros años, alternó la titularidad con la suplencia; hasta que en 1970, empezó a jugar con más regularidad.
Un año después, en 1971; Aguirre tendría el mejor año de su carrera profesional cuando Santa Fe se coronó campeón del Fútbol Profesional Colombiano por quinta (5) vez en su historia.
En ese año, sería titular en varios partidos; compartiendo con grandes jugadores como los colombianos Alfonso Cañón y Víctor Campaz, además del uruguayo Wálter Sossa.