A partir de 1949, los clubes originarios de San Ignacio Guazú se asociaron a la Liga Misionera de Football, cuya sede se ubicaba en San Juan Bautista y San Ignacio Guazú.
Esta liga era la única entidad deportiva de su tipo en el Departamento durante un largo período.
Sin embargo, en 1972, se produjo una escisión en el ámbito del fútbol misionero, lo que resultó en la integración de los clubes de San Ignacio Guazú y las áreas circundantes, como Santa María, San Antonio y Yabebyry, a la Federación Deportiva Misionera en ese entonces.
Esta federación posteriormente evolucionó y se transformó en la actual Liga Ignaciana de Deportes, que se estableció en el año 2003.
[5][6] Algunos jugadores destacados que pasaron por clubes de la Liga Ignaciana de Deportes en sus inicios como deportistas.