La edición 1998-99 de la liga LEB fue la tercera edición de la máxima categoría de la Liga Española de Baloncesto.
Los ganadores de las dos semifinales ascendieron a la Liga ACB.
No hubo descensos directos a categorías inferiores.
Si un equipo estuvo entre los dos últimos clasificados durante dos temporadas consecutivas, perdía la categoría.