En la segunda fase, los puntos y goles de la primera etapa no se consideraron para la clasificación.
Para el Grupo Campeonato, a los equipos que terminaron primeros en sus grupos de primera fase se les sumó cuatro puntos de bonificación, a los segundos tres puntos, a los terceros dos puntos y a los cuartos un punto; en tanto que para el Grupo Descenso los quintos recibieron cuatro puntos y los sextos de cada grupo recibieron dos puntos de bonificación.
En ambos grupos se jugaron todos contra todos en ida y vuelta, de esta forma se disputaron 14 y 10 fechas respectivamente.
Pero Chebba protestó por la presencia del presidente del Club Africain, Youssef Elmi, en el banquillo a pesar de su suspensión como castigo por parte de la Federación Tunecina de Fútbol, y exigió que se les diera una victoria por walkover, y decidieron llevar el caso al TAS.
El 29 de septiembre de 2022, el TAS decidió reintegrar al CS Chebba en la Ligue 1, lo que obligó a la organización a añadir un 16.º equipo para que el número sea par, y la identidad de este equipo fue determinada por dos partidos de desempate, el primero entre Hammam-Lif y Zarzis, y el segundo entre el ganador del primer partido y Métlaoui.