El ganador que clasificó a la Copa Libertadores 1989 fue Colo-Colo, que ganó 2-1 a Deportes Iquique, en partido de definición jugado el día miércoles 25 de enero de 1989[1] Para esta competencia se estableció un nuevo sistema clasificatorio.
Lo primero que se definió como condición restringible o limitante, fue que sólo tenían acceso a la competencia aquellos equipos que terminen el torneo anual dentro de los primeros ocho lugares.
Se dividió el torneo en tres tramos de diez fechas: El primer clasificado proviene del torneo Copa DIGEDER de 1988, como el campeón Colo-Colo ganó el segundo tramo, cede su cupo al segundo, Unión Española, que lo pierde debido a que en el torneo nacional terminó en decimotercer lugar, el otro semifinalista Deportes Iquique ganó el tercer tramo, por lo que en definitiva ingresó Universidad Católica.
Los equipos clasificados, formando dos parejas que se enfrentan en semifinal, en confrontaciones de ida y vuelta.
Los ganadores juegan la final en un partido único.