A pesar de que suscitan inquietud, sus efectos tóxicos en el sistema nervioso son fenómenos adversos infrecuentes cuando el fármaco se usa apropiadamente.
Para evitar los efectos tóxicos en sistema nervioso es necesario que el paciente aplique solamente una capa delgada de loción, y en la piel seca.
El lindano irrita los ojos y las mucosas; puede producir dermatitis por contacto si se emplea de manera excesiva o continuada.
Una vez absorbido, origina un cuadro neurológico grave, caracterizado por activación del SNC con convulsiones, seguido de depresión.
Además, el lindano se distribuye por la leche materna, por lo que puede haber riesgo de toxicidad si el fármaco es ingerido por esta vía.