El grueso del área se localiza en el estado de Puebla, con pequeñas porciones en Tlaxcala y Veracruz.
Se trata de una cuenca endorreica[1] enclavada entre la Sierra Norte de Puebla y varios brazos del Eje Neovolcánico.
Como consecuencia, las aguas de la cuenca no tienen salida al mar y forman lagos endorreicos, salinos, como la Laguna de Totolcingo y la Laguna el Salado.
Estos lagos tienen una escasa profundidad y varían drásticamente en tamaño a lo largo del año.
Sin embargo, resultan mucho más interesantes por sus endemismos aquellos que contienen cuerpos de agua perennes, como las lagunas de Alchichica, Aljojuca, Atexcac, Las Minas, Quechulac y Tecuitlapa.