Comenzó su andadura en 2007, estando federada al Gran Oriente de Francia.
En 2005 se fundó el Triángulo masónico Heracles, constituido por un Maestro y dos Aprendizes filiados a dos diferentes RR.'.LL.'.
En marzo de 2007 se transforma en la Logia Heracles, única logia en Andalucía del Gran Oriente de Francia, que trabaja el Rito Escocés Antiguo y Aceptado.
La Logia Heracles tiene por principios la laicidad, la tolerancia mutua y la libertad absoluta de conciencia.
La Logia Heracles de Málaga desarrolla una importante tarea con la sociedad andaluza, participando en diferentes foros de laicidad, solidaridad y tolerancia.