Luego fue transferido por dos años al Servette FC y posteriormente fichó por un año con el Toulouse de Francia.
Durante este periodo ganó con el club una copa Suiza y participó en 134 partidos, anotando 20 goles.
Lucien Favre también jugó 24 veces para la selección nacional de Suiza, anotando un gol.
Al finalizar su carrera como jugador, estuvo en varios equipos de Suiza.
Bajo su liderazgo, su joven equipo sorprendentemente consiguió el ascenso a la Nationalliga B (segundo nivel del fútbol suizo, que ahora se llama Challenge League).
Esta promoción sigue siendo el logro más importante en la historia del club.
Este movimiento le permitió experimentar el funcionamiento general de un club profesional.
En la temporada siguiente, inesperadamente, logró un 5.º puesto, que sigue siendo la mejor clasificación de Yverdon-Sport FC en la máxima categoría hasta la fecha.
La temporada siguiente, el Zürich terminó su espera de veinticinco años para ganar un título de liga con una victoria dramática en la jornada final contra el FC Basilea que le permitió ganar la Super Liga Suiza.
[14] Tuvo un comienzo prometedor al frente del equipo francés, ya que se situó como líder invicto de la Ligue 1 2016-17 en la 6.ª jornada.
[15] El Niza, con un modesto presupuesto, llegó a la 10.ª jornada del campeonato local todavía invicto y con 26 puntos en su haber, una cifra que a estas alturas solo habían conseguido otros dos equipos (Olympique de Lyon y París Saint-Germain) en la historia de la Liga francesa.
[26] Finalmente, el equipo de Favre obtuvo el 8.º puesto en la Ligue 1, por lo que no pudo clasificarse para ninguna competición europea.