Durante su consulado no fue capaz de desarrollar ninguna política contra César y Pompeyo, que ese año estuvieron involucrados en un escándalo electoral.
Durante los siguientes dos o tres años, durante la estancia de Cicerón en Cilicia, la información que tenemos del personaje deriva principalmente de las cartas dirigidas por su enemigo Celio a Cicerón.
Sus soldados se pasarían al ejército de César, y César permitió marchar a Enobarbo sin que este recibiese daño alguno (un acto de clemencia que este no esperaba).
Sus habitantes le nombraron gobernador y luchó duramente contra César, pero la ciudad finalmente cayó en su poder.
Desde ahí, Enobarbo se dirigió a reunirse con Pompeyo en Tesalia y propuso que una vez acabada la guerra, todos los senadores que hubieran permanecido neutrales fuesen llevados a juicio.
Lucio Domicio Enobarbo fue una persona con una gran energía y carácter, que permaneció fiel a sus principios políticos aunque no tuvo escrúpulos a la hora de elegir los medios con los que defenderlos.
Es significativo porque es el único senador que murió apoyando a Pompeyo en Farsalia, y simboliza por ello la muerte de la República.