Bojanus era aborigen de Bouxwiller, en Alsacia, y estudió en Darmstadt y luego en la Universidad de Jena.
En 1806, fue profesor de veterinaria en la Universidad de Vilnius, cambiando a anatomía comparada en 1816.
Fue autor de varios descubrimientos científicos, incluyendo el órgano glandular en moluscos bivalvos (órgano de Bojanus), y la especie Bos taurus primigenius.
En 1812, cuando Napoleón I llegó a Vilnius, Bojanus se fue por un tiempo a San Petersburgo.
La abreviatura Bojanus se emplea para indicar a Ludwig Heinrich Bojanus como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.