Zehnder desistió de graduarse con Helmholtz, y se dirigió a su amigo Röntgen con este propósito (el mismo Röntgen, que no había completado la escuela secundaria, fue en este sentido más abierto).
Ludwig Mach había diseñado un dispositivo similar independientemente, que anunció siete meses más tarde.
Desarrolló la descarga luminiscente que lleva su nombre, y experimentó a finales del siglo XIX con tecnología de alta frecuencia.
Se opuso a la teoría de la relatividad y a la teoría cuántica, desarrollando su propia teoría mecánica del universo, que rápidamente extendió a finales del siglo XIX en libros de divulgación, lo que le aisló científicamente.
Ya en 1890 su amigo Röentgen le advirtió en una carta acerca de su inclinación por la especulación sin base suficiente[3] y se mantuvo repitiendo estas advertencias, pero Zehnder no cejó en sus intentos de desarrollar un enfoque con una visión del mundo basada en la mecánica clásica y en el concepto del éter elástico, siendo este el objeto principal de su interés por la física.