Luis Gunter II recibió los distritos de Ebeleben, Schernberg, Keula, y las ciudades de Greußen, Clingen, Großenehrich y Rohnstedt en el distrito de Clingen.
En 1666, se convirtió en custodio y regente de los hijos de su hermano Antonio Gunter II, y se trasladó a Arnstadt.
Tras la muerte de su sobrino Juan Gunter IV, Luis Gunter II y sus sobrinos Cristián Guillermo I y Antonio Gunter II heredaron el Alto Schwarzburgo-Sondershausen, que gobernaron conjuntamente.
Luis Gunter II murió en 1681, sin heredero varón.
Con su muerte, la línea de Schwarzburgo-Ebeleben se extinguió, y su territorio pasó a sus sobrinos.