Lycalopex ensenadensis fue descrito originalmente en el año 1888 por el científico autodidacta, naturalista, climatólogo, paleontólogo, zoólogo, geólogo y antropólogo argentino Florentino Ameghino, bajo el nombre científico: Canis ensenadensis.
[1] La posición sistemática de esta especie ha sido debatida por varios autores, sobre todo en cuanto a su asignación genérica.
En su tesis doctoral del año 1994, Walter D. Berman lo escindió del género Canis Linnaeus y lo transfirió al género Dusicyon ‘‘sensu lato’’ Hamilton Smith.
[2] Análisis filogenéticos posteriores cambiaron la nomenclatura de los zorros sudamericanos; adjudicando al género Dusicyon sólo dos especies: D. australis (D. Kerr) —la especie tipo— y un taxón fósil (D. avus Burmeister).
[3] Como resultado el taxón fue reafirmado como especie válida y transferido al género (también viviente) Lycalopex.